تأسس "المركزالقومي لدراسات الشرق الأوسط" عام 1989 كمركز بحوث ودراسات مصري مستقل، بهدف دراسة وتعميق الحوار حول القضايا والتطورات في منطقة الشرق الأوسط، وانعكاساتها على الأمن القومي المصري والعربي، وطرح الخيارات الممكنة للتعامل معها، والمساهمة في تحقيق التعاون والتنمية. كما يحرص المركز على تفعيل وتنشيط قنوات الاتصال مع كافة منظمات المجتمع المدني المصرية ذات الاهتمام بقضايا المتابعة وتوسيع الحوار والمناقشات مع مراكز الأبحاث ومنظمات المجتمع المدني في المنطقة، وفي الدول المعنية على مستوى العالم لتعميق التفاهم المشترك بما يخدم الاستقرار والتنمية.

يسعى المركز إلى تحقيق أهدافه من خلال تنظيم مجموعة من البرامج البحثية تشمل محاور الاهتمام الرئيسية له، أهمها:

برنامج للدراسات الإسرائيلية: يتناول التطورات الداخلية والسياسة الخارجية في إسرائيل، وانعكاساتها على جهود التسوية، وتأثيراتها الإقليمية والدولية.

برنامج لدراسات السودان ودول حوض النيل: يتركز حول رصد ومتابعة التطورات التي تشهدها تلك الدول، والصعوبات والمشاكل التي يمكن أن تفرزها تلك التطورات.

برنامج للدراسات الخاصة بالأمن الإقليمي والأمن القومي العربي: يهدف إلى رصد وتحليل القضايا ذات الصلة بالأمن في منطقة الشرق الأوسط، وانعكاسات ذلك على الأمن القومي المصري.

يسعى المركز إلى تحقيق رسالته عبر مجموعة من الآليات، وهي:

عقد الندوات وورش العمل سواء بصورة منفردة أو بمشاركة مراكز ومنظمات إقليمية ودولية.

تنظيم محاضرات عامة في الموضوعات والقضايا التي ترتبط بالاستقرار في الشرق الأوسط.

إجراء لقاءات وحوارات مع شخصيات رسمية وغير رسمية وممثلي منظمات المجتمع المدني المصرية والدولية المعنية بقضايا الشرق الأوسط.

الاهتمام بتدريب الكوادر البحثية والفنية، وتأهيلها فكرياً لصالح دعم عملية التنمية الشاملة بأبعادها المختلفة، ونشر وتأصيل ثقافة السلام والاستقرار في منطقة الشرق الأوسط بصفة عامة.

إصدارات خاصة بالمركز تحوي عروضاً لما جرى من مناقشات وتوصيات في الندوات وورش العمل، وتتضمن رؤية المركز وتقييمه للتطورات والأحداث التي تشهدها المنطقة، وتأتي تلك الإصدارات في صورة: أوراق الشرق الأوسط: وهي دورية فصلية، ونشرة الشرق الأوسط الاستراتيجية: وهي إصدار شهري باللغة العربية والإنجليزية، والتقرير السنوي: يعرض أهم أحداث وتطورات المنطقة خلال العام.