يمتلك المركز القومي لدراسات الشرق الأوسط تراثًا بحثيًا ممتدًا، حيث بدأ منذ عام 1990 نشر مجلة أوراق الشرق الأوسط التي تعتبر الإصدار الرئيسي عن المركز.